长期以来低程度的选育和粗放的饲养管理使土鸡形成了疾病少、耐粗饲的一个特点，再加上土鸡大多数采用的是“四园”（果园、桑园、茶园、竹园）散养，环境远离污染，利于防病。但是因为土鸡的饲养周期较长，加上长期放牧于野外，接触病原体的机会增加，有时还会遇上"四园"作物喷施农药引起土鸡农药中毒，所以散养鸡的防疫不容忽视。除加强日常管理，如严格消毒、隔离饲养以消灭部分疾病外，药物预防不失为一条好途径。
鸡痘
鸡15～35日龄、90～140日龄时各刺种一次禽痘疫苗，4～5天后刺苗处结痂表明有效，保护率一般在。对土鸡的寄生虫病，惟有改善饲养环境，加强营养及饲养工具的消毒才是有效的预防途径。
禽流感
鸡20日龄和120日龄、产蛋半年或快进入流感高发期、上次接种类减蛋油苗半年后每只用类减蛋油苗0.5毫升肌注接种一次。
疫苗接种
鸡7～14日龄、25～28日龄时用克隆30疫苗滴鼻点眼，同时按每500只鸡加青霉素、链霉素各100万单位，也可用海天、海达、兰星、普杀平等混合使用。
鸡55～60日龄时用鸡新城疫I系与克隆I系疫苗按1:1.5混合肌注。
鸡125日龄时用新支减三联苗、流感二联油苗肌注，每只0.5毫升。
鸡306日龄时重复用克隆I系肌肉注射。
在土鸡440日龄(出栏前)用弱毒苗(II系或IV系疫苗)饮水。
马立克病